Не уверен, что списковые включения и встроенные функции всегда дают заметный прирост, особенно на небольших задачах. Иногда проще просто переписать код понятнее, чем пытаться оптимизировать где попало. Ну и профилировка — да, полезна, но новичкам не всегда сразу понятно, как с ней работать, так что без фанатизма. В целом, если код не реально тормозит, заморачиваться с Cython или NumPy не обязательно.