Настраивать логирование через php.ini проще — задаёшь глобально и оно работает везде, но менять что-то быстро не получится без перезагрузки сервера. В коде же удобно менять уровни и файлы логов на лету, например для тестов или отдельных скриптов, но если забыть вернуть настройки, можно запутаться. Лучше комбинировать: глобальные настройки через ini, а в коде — точечно под свои задачи.