С PDO вроде всё понятно и удобно, но на практике не всё так просто. Например, с IN() параметрами заморочки просят: динамически плейсхолдеры лепить, иначе не прокатит. И баги с кодировкой тоже нередки, если забить на настройки. В остальном да, PDO классно универсален, но иногда мелочи подводят, важно смотреть на детали, а не только на красоту интерфейса.