Часто проблема в том, что трафик просто не весь идет через антиддос, и часть «злых» пакетов прямиком валит на сервер. Ещё бывает, что настройки слишком общие и не учитывают специфику нагрузок или типы атак. Ну и забывают банить «медленных» ботов — тут fail2ban реально помогает. Главное — постоянно смотреть логи и обновлять правила, иначе защита быстро устареет и станет бесполезной.