Раньше всё тоже было через жопу — локально шикарно, на проде беда. Сейчас просто стараюсь держать версии PHP и либы одинаковыми и git с миграциями не игнорить. Docker, конечно, мечта, но у многих хостинг не даёт. Главное — не сливать изменения без тестов и не надеяться, что всё само сработает. Чуть намотал на ус, чуть пописал свои скрипты — будет меньше нервов.