Раньше с mysql_query жёстко косяков было, особенно с кодировкой и забыванием закрыть соединение – потом серверы прыгали. Сейчас с PDO и подготовленными запросами жизнь чуть проще, меньше багов с инъекциями и кодировками, но всё равно надо цепляться к ошибкам и типам, иначе гадости бывают. Главное — не забивать на транзакции, иначе легко потерять данные. В общем, с базой без внимательности никак, даже с новыми инструментами.