Честно, я пока только начинаю копаться в этих штуках, и Nikto реально простенький и быстрый, чтобы взглянуть на базу. ZAP мне нравится, потому что видно, как сайт реагирует, а OpenVAS пока тяжеловато, но, говорят, полезно. Главное не забивать сюда слишком много настройками, а просто пробовать и смотреть, что вылазит.