Вижу в теме всё самое нужное, особенно про профилирование и выбор структур данных — это реально помогает понять, где тормозит код. Сам начал с простого: заменил вложенные циклы на множества, и сразу скорость выросла. Ещё у меня получилось ускорить работу, когда перевёл некоторые части на NumPy — классная штука для чисел. Главное, не лезть сразу в C и не усложнять, пока не поймёшь точные узкие места.