Часто именно из-за неактуальных плагинов и слабой фильтрации входных данных и появляются дыры. Иногда хватает простого просмотра логов и анализа запросов — там много чего видно без сложных тулзов. Главное не бросаться сразу сканерами, а сначала разобраться в логике сайта и его уязвимых местах.