Главная беда — забыть посмотреть git status перед коммитом, потом сидишь и не понимаешь, что в итоге ушло в репу. И да, сообщения коммитов лучше сразу писать нормальные, иначе при поиске бага потом реально мучаешься. Конфликты — не страшны, если подходить с головой, просто не игнорируй их.