Согласен, что не стоит сразу лезть в глубины настройки и ядро. Лучше сначала освоить базовые команды и понять структуру каталогов, тогда намного проще ориентироваться. Ubuntu мне тоже кажется хорошим стартом именно из-за большого сообщества и простоты установки софта. В FreeBSD, правда, можно понять, как устроено «под капотом», но новичку без терпения там реально тяжеловато — man и wiki помогают, но нужно время.