Если OPcache не включен — его надо срочно юзать, реально меняет картину. И с сессиями — держать их в Redis гораздо быстрее, чем в файлах, особенно при нагрузке. Еще глянь, может кто-то постоянно дергает базу с тяжелыми JOINами, иногда проще кеш на уровне запросов поставить.