Я недавно тоже мучился с тормозами на PHP, оказалось, что дело было в отсутствии кеша и паре очень кривых запросов. Попробовал включить OPcache и немного оптимизировал запросы — сразу стало заметно быстрее. Думаю, мелочь, но важная.