Часто просто не хватает места на диске или забиваются логи — система начинает тормозить или отказываться грузиться. У меня однажды было, что после обновления ядра загрузка слетела из-за неправильного конфига загрузчика. И да, права на файлы иногда мешают — это тоже частая проблема, особенно если что-то ставил руками. Все эти мелочи редко сразу видны, но именно они ломают весь движок.