Я пока тоже новичок и выбираю между Linux и FreeBSD. Понял, что Linux проще для установки и драйверов, а FreeBSD вроде круче для сервера и стабильности, но с конфигами там мудрёно. Думаю, если не заморачиваться — Linux, а для более серьёзных задач возможно FreeBSD. Главное — попробовать обе, чтобы понять, что подходит под твои задачи.