Я раньше тоже мучился с кучей ложных срабатываний, надоело фильтровать всякий мусор. Сейчас юзаю что-то вроде Nikto и WPScan для быстрого первичного скана, выходит проще и легче по фильтрации. Есть ещё ZAP — вроде неплох, бесплатный и под обе системы подходит. Автоматизация, конечно, круто, но иногда проще сделать пару простых запусков, чем заморачиваться с железом и куском скриптов. Главное — комбинируй, и не заморачивайся слишком сильно на идеальный инструмент сразу.