Самое простое — обзавестись базовой статистикой по ключам, чтоб не гадать, откуда рост идет. Часто у меня проблема была с тестовыми скриптами, которые запускаются сами собой ночью и сжигают трафик. Еще помогает включить кэш и убрать лишние повторные запросы. Если API позволяет, настраиваю вебхуки для уведомлений при приближении лимитов — очень выручает.