Слушайте, я обычно просто гляжу, что у меня по сервисам через systemctl и проверяю порты через netstat — чаще всего помогает быстро понять, что разваливается или висит лишнее. Ну и права на ключевые файлы, типа /etc/passwd, важно проверить, чтобы не оставить дырки. Ещё запустил однажды Lynis — эта штука выдала простой отчёт, что стоит порыться, без заморочек. Для новичка вполне подходящий вариант, чтобы не заблудиться.