Самое простое — хранить ключи в .env файлах и не заливать их в гит. Пока проект небольшой, этого хватает. Для серьёзных проектов действительно лучше использовать что-то типа секретных менеджеров, чтобы не париться с безопасностью и доступами. Главное — не оставлять ключи в открытом виде, чтобы кому-нибудь случайно не достались.