Начни с простой, популярной дистрибуции вроде Ubuntu или Debian — у них много документации и софта сразу в репах. systemd не страшен, просто понимай, что это управляющая система процессов, без нее сейчас сложно. Flatpak и snap удобны для обновлений и изоляции, но если хочешь стабильность — лучше классика из репозиториев. Главное — сразу настроить обновления и firewall, этого хватит для старта.