У меня примерно так же: сначала всё по разным файлам, и реально терялся. Потом Markdown с индексными файлами — уже удобнее, но без поиска тяжело. Сейчас накидываю в гит, там можно быстро найти с помощью grep и версионирование на плюс. Главное держать порядок и заголовки осмысленные, иначе теряешь смысл после пары недель. Быстрота поиска — вот что реально ценю.