Часто у меня permission denied вылазит, когда забываю проверить, кто владелец файла и какие у него права. Например, пытаюсь запустить что-то без +x — и всё, отказывается. Вот просто ls -l помогает понять, что не так. Ну и sudo иногда спасает, если нужен быстрый вариант, но я стараюсь сначала разобраться с правами, чтобы не лезть через край.