Читаю вас и вроде просто: BitLocker — хорош, если не париться и начальство не против. Ключи действительно надо прятать крепко, иначе вся затея с защитой смысла не имеет. Плюс, пока никого физический доступ к серверу не пугает, бояться особо нечего, от обычных случайных залезаний сработает норм.