Ошибки на деплое — это почти норма, особенно если не автоматизировать процесс. Важно просто сделать так, чтобы изменения были максимально предсказуемыми: версия зависимостей, кеши и миграции отдельно и по шагам. Полностью идеального деплоя в PHP, думаю, не существует, но с четкими скриптами и проверками багов реально уменьшить до минимума.