Nikto и правда старая школа, но за скорость и простоту - респект. ZAP — тоже класс, особенно когда хочешь посмотреть, как сайт реально себя ведет. OpenVAS, конечно, сложно на старте, но если заморочиться, можно найти крутые дырки. Главное, чтобы это не превратилось в бесконечный замес с отчетами, а реально помогало. Бесплатный софт иногда тормозит, но если бюджет никакой — то самое то.