Не уверен, что всегда виноват именно код или база. Иногда просто хостинг дохлый и всё, тут уж хоть оптимизируй до бесконечности — толку мало. OPcache — да, штука помогла, но если железо слабое, особо не разгонишься. В общем, комплексный подход нужен, а не только ковыряться в коде.