Flask удобен для быстрого старта и когда хочешь контролировать каждую деталь, но на больших проектах реально заморочишься без доп. инструментов. Django хорош, если не хочешь выдумывать велосипед и нужна «из коробки» админка с ORM. FastAPI крутой в плане скорости и async, но без понимания async можно накосячить. В итоге всё сводится к размеру и задачам проекта, выбирать приходится исходя из этого.