У меня тоже были подобные заморочки. Проверка на битые ссылки реально помогает, и старый контент лучше обновлять — свежак всегда в цене. По внутренней перелинковке: лучше подбирать анкоры с ключевиками, но без фанатизма, чтобы не выглядело как спам. Для отслеживания использую Search Console и Яндекс.Вебмастер — бесплатно и удобно, сразу видно, если что не так пошло. Главное — не забивать на регулярность, а то эффект быстро пропадает.