На самом деле старт с форм и базового ввода — самое разумное. Часто именно там цепляются большинство простых дырок, особенно XSS и SQLi. Проверка заголовков — тоже класс, многие забывают про Content Security Policy, а он реально мешает классным атакам. Дальше можно уже смотреть логи, права на файлы и устаревшие библиотеки — но первая база, которую ты описал, реально даёт быстрый результат без заморочек.