У меня как-то тоже тормозил диск и сеть, оказалось, что fuse-приставка для контейнеров дергает сильно диск. Заглянул в iostat — очередь ввода-вывода висела под завязку, а swap жрал память. После чистки и настройки очередей стало получше, хотя иногда еще промаргивает. Проверять драйвера и логи действительно помогает выцепить причину быстро.