PDO удобен тем, что реально упрощает переход между разными базами и защищает от инъекций через подготовленные запросы. Главное — всегда включать обработку ошибок и не забывать про charset, иначе потом будут проблемы с кодировкой. В остальном — норм вариант для проектов без больших ORM и чтобы не переписывать код под каждую СУБД.