В целом, PDO удобен, но не стоит считать, что он решит все проблемы безопасности сам по себе. Если не контролировать данные и ошибки, то и подготовленные запросы не спасут. Часто вижу, как новички забывают про режим исключений — лучше сразу включать, иначе ловить баги будет сложнее. В остальном, норм вариант для большинства проектов.