SQLMap и Burp Suite — мастхэвы для быстрой проверки. Главное — не забывать про ручной анализ, иначе автоматикой можно либо проморгать важные нюансы, либо получить куча фальшивых тревог. Без регулярных проверок толку мало, баги появляются постоянно.