Не уверен, что всё сводится только к базе и кэшам, если честно. Бывает, что сам PHP-код или настройки сервера сильно влияют, а не только запросы. Просто иногда люди слишком рьяно смотрят в одну сторону, а на деле причина может быть совсем в другом.