Плюсану насчёт бэкапа и тестов на отдельном стенде — без этого вообще никак. Ещё сам сначала отключаю все плагины, обновляю движок, потом по одному возвращаю, если что косячит. И права на файлы всегда проверяю — иногда после обновы они с двух ног улетают, и хрен что заработает. Такой базовый подход реально спасает сайт от полного краха.