Лучше сначала руками глянуть на самые уязвимые места, особенно формы ввода и настройки сервера. Сканы полезны, но без ручной проверки много чего упускается, особенно мелких косяков. Обновления и чистка конфигов — базовый минимум, без этого смысла искать дырки почти нет.