Часто копают слишком глубоко, а дело банальное — robots.txt или мета noindex забыли убрать. Помню, лет десять назад тоже сайты падали из индекса из-за такой глупости. Как правило, достаточно по-простому проверить эти моменты и карту сайта правильно загрузить. Вся эта индексация — не что-то сверхсложное, просто внимательнее с настройками надо быть.