Честно, иногда просто смотрю через systemctl, что запущено, и пробегаюсь по сетевым портам через netstat, чтобы понять, нет ли чего лишнего. Права на файлы проверяю, особенно в /etc/passwd — тут легко баг нажать. Lynis попробовал — удобно, быстро даёт общее представление без глубокого копания. Главное, не залезать сразу в кучу настроек, а постепенно, по шагам.