Похоже, что с LevelDB реально много заморочек, особенно когда база уже повреждена. Мне тоже нравится копаться в логах и кэше service worker — там иногда реально неожиданные артефакты всплывают. В MV3 эти дополнительные источники часто спасают, если основной файл зафейлился. Главное — не бояться переключаться между инструментами, а то одна цельная база бывает редкостью.