Если база реально большая, то одной кучей быстро всё превращается в кашу. Лучше разбивать, но важно поддерживать нормальные ссылки между базами, иначе потеряешь время, прыгать туда-сюда утомительно. В маленьких командах проще одну держать, чтобы не запутаться с доступами и версиями. Главное — не забывать периодически чистить и оптимизировать поиск.