Самое главное с композером — не лезь в vendor руками и всегда держи composer.lock под контролем, чтобы не было неожиданных обновлений. Если что сломалось — сначала composer install, а не сразу update, иначе можешь нарваться на проблемы. И да, автозагрузка — друг, не пытайся вручную файлы подключать.