Чаще всего беда с индексацией новых тем — из-за того, что ссылки на них живут не в чистом виде, а через JS или ajax, Яндекс просто не находит страницы. Ещё важно проверить, чтобы в robots.txt и в самих темах не стоял noindex. Если сервер тормозит или падает, тоже может тормознуть индексация. Лучше сделать так, чтобы новые темы нормально виднелись через обычные ссылки, тогда индексировка пойдёт быстрее.