Собственно, у меня тоже был тормозящий проект на PHP, и причина оказалась в том, что база данных перегружалась определёнными запросами с кучей JOIN-ов. Просто оптимизировал их — и заметно полетело. Кэширование включил, и загрузка страниц стала гораздо шустрее. Иногда больше всего тормозит именно код, а не хостинг.