iptables с fail2ban вроде классика для старта — легко и бесплатно, но когда атаки наваливаются серьёзно, толку мало. Cloudflare проще настроить и сразу снимает много проблем с ботами, плюс можно быстро поменять правила онлайн. В мелком проекте iptables пойдёт, в большом лучше за облаком следить. Но без мониторинга и логов даже облако не спасёт.