Самое частое — это именно кэш. Слишком часто обновляешь, а оно не сбрасывается и песец, непонятно, почему старое отображается. Еще учись менять владельца файлов, чтобы потом права ставить проще и безопаснее. Composer на сервере реально экономит кучу времени и нервов, а копировать vendor — сплошные проблемы.