Не всё так однозначно с PDO. Да, это удобно и безопасно, но иногда оно кажется избыточным, особенно в простых проектах. Мysqli с подготовленными запросами тоже неплохо справляется, а код получается более прямолинейным. В общем, если проект небольшой и нужно быстро, можно и без PDO. Но если планируешь масштаб или кросс-СУБД — тогда да, лучше брать PDO сразу.