Хранить ключи как золото в банке — вот и всё. Не пиши их в коде или где попало, лучше в переменных окружения или спецфайлах .env, которые в гит не кладутся. А если хочешь совсем по-круче — секреты в менеджерах типа Vault, но это уже для мажоров. Главное — не таскать ключи в открытый доступ, и всё будет ок.