Я обычно делаю пару простых проверок — смотрю статус сервисов через systemctl или rcctl, а потом гляжу логи, там часто сразу видна проблема. И да, конфиги — это только начало, иногда настройки кешируются или меняются где-то еще, особенно после обновлений. В FreeBSD это часто про автозапуск и права на скрипты.