Тут самая боль — это когда сессии стартуешь в каждом файле отдельно, и потом полный бардак с авторизацией. Ну и фильтрацию совсем халявить — просто призыв к проблемам, особенно с формами. Я тоже долго пытался всё в одном файле писать, но как только отделил логику — жизнь стала проще, баги искать почти не пришлось. Особенно на больших проектах без разделения умрут.