Java крута для серверов и больших проектов, а вот C# удобнее для старта с визуалками и играми на Unity. Кстати, с новым .NET теперь можно спокойно писать под Linux и Mac, так что C# уже не только про Windows. В целом, выбирай по интересам, оба языка годные и не дадут заскучать.